A functional ABCA1 gene variant is associated with low HDL-cholesterol levels and shows evidence of positive selection in Native Americans
Copyright
open access
Type
Article
Date
2010
Journal Title
Journal ISSN
Volume Title
Publisher
Oxford University Press
Alternative Title
Affilliation
Instituto Nacional de Ciencias Médicas y Nutrición "Salvador Zubirán". Unidad de Biología Molecular y Medicina Genómica. Ciudad de México, México / Universidad Nacional Autónoma de México. Ciudad de México, México / Escuela Nacional de Antropología e Historia. Laboratorio de Genética Molecular. Ciudad de México, México.
Instituto Nacional de Ciencias Médicas y Nutrición "Salvador Zubirán". Unidad de Biología Molecular y Medicina Genómica. Ciudad de México, México.
University of British Columbia. Department of Medical Genetics. Vancouver, BC, Canada.
Instituto Nacional de Ciencias Médicas y Nutrición "Salvador Zubirán". Unidad de Biología Molecular y Medicina Genómica. Ciudad de México, México.
Instituto Nacional de Ciencias Médicas y Nutrición "Salvador Zubirán". Unidad de Investigación en Enfermedades Metabólicas. Ciudad de México, México.
Universidade Federal do Rio Grande do Sul. Instituto de Biociências. Departamento de Genética. Porto Alegre, RS, Brasil.
Stanford University. Department of Genetics. Stanford, CA, USA.
Universidad Nacional Autónoma de México. Facultad de Química. Departamento de Biología. Ciudad de México, México / Hospital Juárez de México. Laboratorio de Endocrinología Molecular. Ciudad de México, México.
Instituto Nacional de Ciencias Médicas y Nutrición "Salvador Zubirán". Unidad de Biología Molecular y Medicina Genómica. Ciudad de México, México.
Instituto Nacional de Ciencias Médicas y Nutrición "Salvador Zubirán". Unidad de Biología Molecular y Medicina Genómica. Ciudad de México, México.
Instituto Nacional de Ciencias Médicas y Nutrición "Salvador Zubirán". Unidad de Biología Molecular y Medicina Genómica. Ciudad de México, México.
Instituto Nacional de Ciencias Médicas y Nutrición "Salvador Zubirán". Unidad de Biología Molecular y Medicina Genómica. Ciudad de México, México.
Instituto Nacional de Ciencias Médicas y Nutrición "Salvador Zubirán". Unidad de Biología Molecular y Medicina Genómica. Ciudad de México, México.
Institute of Evolutionary Biology. Barcelona, Spain.
University of British Columbia. Department of Medical Genetics. Vancouver, BC, Canada.
University of British Columbia. Department of Medical Genetics. Vancouver, BC, Canada.
Universidad Nacional Autónoma de México. Facultad de Química. Departamento de Biología. Ciudad de México, México / Hospital Juárez de México. Laboratorio de Endocrinología Molecular. Ciudad de México, México.
Universidad Nacional Autónoma de México. Facultad de Química. Departamento de Biología. Ciudad de México, México / Hospital Juárez de México. Laboratorio de Endocrinología Molecular. Ciudad de México, México.
Laboratorios Zurita & Zurita. Quito, Ecuador.
Laboratorios Zurita & Zurita. Quito, Ecuador.
Centro de Investigación y de Estudios Avanzados. Departmento de Biomedicina Molecular. Ciudad de México, México.
Centro de Investigación y de Estudios Avanzados. Departmento de Biomedicina Molecular. Ciudad de México, México.
Escuela Nacional de Antropología e Historia. Laboratorio de Genética Molecular. Ciudad de México, México.
Escuela Nacional de Antropología e Historia. Laboratorio de Genética Molecular. Ciudad de México, México.
Universidade Federal de São Paulo. Escola Paulista de Medicina. Departamento de Medicina. Disciplina de Endocrinologia. São Paulo, SP, Brasil.
Instituto Nacional de Ciencias Médicas y Nutrición "Salvador Zubirán". Departamento de Inmunología y Reumatología. Ciudad de México, México.
Instituto Nacional de Medicina Genómica. Departamento de Genómica Computacional. Ciudad de México, México.
Cedars-Sinai Medical Center. Cedars-Sinai Heart Institute. Los Angeles, CA, USA.
Complutense University of Madrid. Faculty of Biology. Department of Zoology and Physical Anthropology. Madrid, Spain.
Escuela Nacional de Antropología e Historia. Laboratorio de Genética Molecular. Ciudad de México, México / Complutense University of Madrid. Faculty of Biology. Department of Zoology and Physical Anthropology. Madrid, Spain.
Pontifícia Universidade Católica do Rio Grande do Sul. Escola de Ciências da Saúde e da Vida. Faculdade de Ciências Biológicas. Porto Alegre, RS, Brasil.
Mexican Institute of Social Security. National Medical Center XXI Century. Pediatrics Hospital. Unit of Medical Research in Nutrition. Ciudad de México, México.
Chinese Academy of Sciences. Institute of Genetics and Developmental Biology. Key Laboratory of Molecular and Developmental Biology. Beijing, China.
Instituto Nacional de Ciencias Médicas y Nutrición "Salvador Zubirán". Unidad de Biología Molecular y Medicina Genómica. Ciudad de México, México.
Instituto Nacional de Ciencias Médicas y Nutrición "Salvador Zubirán". Unidad de Investigación en Enfermedades Metabólicas. Ciudad de México, México.
Instituto Nacional de Ciencias Médicas y Nutrición "Salvador Zubirán". Ciudad de México, México.
Universidade Federal de São Paulo. Escola Paulista de Medicina. Departamento de Medicina. Disciplina de Endocrinologia. São Paulo, SP, Brasil.
Universidad Nacional Autónoma de México. Facultad de Química. Departamento de Biología. Ciudad de México, México.
Universidade Federal do Rio Grande do Sul. Instituto de Biociências. Departamento de Genética. Porto Alegre, RS, Brasil.
National Institutes of Health. National Institute of Diabetes and Digestive and Kidney Diseases. Phoenix, AZ, USA.
Universidade Federal do Rio Grande do Sul. Instituto de Biociências. Departamento de Genética. Porto Alegre, RS, Brasil.
University of British Columbia. Department of Medical Genetics. Vancouver, BC, Canada.
National Institutes of Health. National Institute of Diabetes and Digestive and Kidney Diseases. Phoenix, AZ, USA.
Instituto Nacional de Ciencias Médicas y Nutrición "Salvador Zubirán". Unidad de Biología Molecular y Medicina Genómica. Ciudad de México, México
Instituto Nacional de Ciencias Médicas y Nutrición "Salvador Zubirán". Unidad de Biología Molecular y Medicina Genómica. Ciudad de México, México.
University of British Columbia. Department of Medical Genetics. Vancouver, BC, Canada.
Instituto Nacional de Ciencias Médicas y Nutrición "Salvador Zubirán". Unidad de Biología Molecular y Medicina Genómica. Ciudad de México, México.
Instituto Nacional de Ciencias Médicas y Nutrición "Salvador Zubirán". Unidad de Investigación en Enfermedades Metabólicas. Ciudad de México, México.
Universidade Federal do Rio Grande do Sul. Instituto de Biociências. Departamento de Genética. Porto Alegre, RS, Brasil.
Stanford University. Department of Genetics. Stanford, CA, USA.
Universidad Nacional Autónoma de México. Facultad de Química. Departamento de Biología. Ciudad de México, México / Hospital Juárez de México. Laboratorio de Endocrinología Molecular. Ciudad de México, México.
Instituto Nacional de Ciencias Médicas y Nutrición "Salvador Zubirán". Unidad de Biología Molecular y Medicina Genómica. Ciudad de México, México.
Instituto Nacional de Ciencias Médicas y Nutrición "Salvador Zubirán". Unidad de Biología Molecular y Medicina Genómica. Ciudad de México, México.
Instituto Nacional de Ciencias Médicas y Nutrición "Salvador Zubirán". Unidad de Biología Molecular y Medicina Genómica. Ciudad de México, México.
Instituto Nacional de Ciencias Médicas y Nutrición "Salvador Zubirán". Unidad de Biología Molecular y Medicina Genómica. Ciudad de México, México.
Instituto Nacional de Ciencias Médicas y Nutrición "Salvador Zubirán". Unidad de Biología Molecular y Medicina Genómica. Ciudad de México, México.
Institute of Evolutionary Biology. Barcelona, Spain.
University of British Columbia. Department of Medical Genetics. Vancouver, BC, Canada.
University of British Columbia. Department of Medical Genetics. Vancouver, BC, Canada.
Universidad Nacional Autónoma de México. Facultad de Química. Departamento de Biología. Ciudad de México, México / Hospital Juárez de México. Laboratorio de Endocrinología Molecular. Ciudad de México, México.
Universidad Nacional Autónoma de México. Facultad de Química. Departamento de Biología. Ciudad de México, México / Hospital Juárez de México. Laboratorio de Endocrinología Molecular. Ciudad de México, México.
Laboratorios Zurita & Zurita. Quito, Ecuador.
Laboratorios Zurita & Zurita. Quito, Ecuador.
Centro de Investigación y de Estudios Avanzados. Departmento de Biomedicina Molecular. Ciudad de México, México.
Centro de Investigación y de Estudios Avanzados. Departmento de Biomedicina Molecular. Ciudad de México, México.
Escuela Nacional de Antropología e Historia. Laboratorio de Genética Molecular. Ciudad de México, México.
Escuela Nacional de Antropología e Historia. Laboratorio de Genética Molecular. Ciudad de México, México.
Universidade Federal de São Paulo. Escola Paulista de Medicina. Departamento de Medicina. Disciplina de Endocrinologia. São Paulo, SP, Brasil.
Instituto Nacional de Ciencias Médicas y Nutrición "Salvador Zubirán". Departamento de Inmunología y Reumatología. Ciudad de México, México.
Instituto Nacional de Medicina Genómica. Departamento de Genómica Computacional. Ciudad de México, México.
Cedars-Sinai Medical Center. Cedars-Sinai Heart Institute. Los Angeles, CA, USA.
Complutense University of Madrid. Faculty of Biology. Department of Zoology and Physical Anthropology. Madrid, Spain.
Escuela Nacional de Antropología e Historia. Laboratorio de Genética Molecular. Ciudad de México, México / Complutense University of Madrid. Faculty of Biology. Department of Zoology and Physical Anthropology. Madrid, Spain.
Pontifícia Universidade Católica do Rio Grande do Sul. Escola de Ciências da Saúde e da Vida. Faculdade de Ciências Biológicas. Porto Alegre, RS, Brasil.
Mexican Institute of Social Security. National Medical Center XXI Century. Pediatrics Hospital. Unit of Medical Research in Nutrition. Ciudad de México, México.
Chinese Academy of Sciences. Institute of Genetics and Developmental Biology. Key Laboratory of Molecular and Developmental Biology. Beijing, China.
Instituto Nacional de Ciencias Médicas y Nutrición "Salvador Zubirán". Unidad de Biología Molecular y Medicina Genómica. Ciudad de México, México.
Instituto Nacional de Ciencias Médicas y Nutrición "Salvador Zubirán". Unidad de Investigación en Enfermedades Metabólicas. Ciudad de México, México.
Instituto Nacional de Ciencias Médicas y Nutrición "Salvador Zubirán". Ciudad de México, México.
Universidade Federal de São Paulo. Escola Paulista de Medicina. Departamento de Medicina. Disciplina de Endocrinologia. São Paulo, SP, Brasil.
Universidad Nacional Autónoma de México. Facultad de Química. Departamento de Biología. Ciudad de México, México.
Universidade Federal do Rio Grande do Sul. Instituto de Biociências. Departamento de Genética. Porto Alegre, RS, Brasil.
National Institutes of Health. National Institute of Diabetes and Digestive and Kidney Diseases. Phoenix, AZ, USA.
Universidade Federal do Rio Grande do Sul. Instituto de Biociências. Departamento de Genética. Porto Alegre, RS, Brasil.
University of British Columbia. Department of Medical Genetics. Vancouver, BC, Canada.
National Institutes of Health. National Institute of Diabetes and Digestive and Kidney Diseases. Phoenix, AZ, USA.
Instituto Nacional de Ciencias Médicas y Nutrición "Salvador Zubirán". Unidad de Biología Molecular y Medicina Genómica. Ciudad de México, México
Advisor
Co-Advisor
Committee Member
Organizer
Coordinator(s)
Institutional author
Director
item.page.production
Screenplay
Producer
Recorder
Abstract
Abstract
It has been suggested that the higher susceptibility of Hispanics to metabolic disease is related to their Native American heritage. A frequent cholesterol transporter ABCA1 (ATP-binding cassette transporter A1) gene variant (R230C, rs9282541) apparently exclusive to Native American individuals was associated with low high-density lipoprotein cholesterol (HDL-C) levels, obesity and type 2 diabetes in Mexican Mestizos. We performed a more extensive analysis of this variant in 4405 Native Americans and 863 individuals from other ethnic groups to investigate genetic evidence of positive selection, to assess its functional effect in vitro and to explore associations with HDL-C levels and other metabolic traits. The C230 allele was found in 29 of 36 Native American groups, but not in European, Asian or African individuals. C230 was observed on a single haplotype, and C230-bearing chromosomes showed longer relative haplotype extension compared with other haplotypes in the Americas. Additionally, single-nucleotide polymorphism data from the Human Genome Diversity Panel Native American populations were enriched in significant integrated haplotype score values in the region upstream of the ABCA1 gene. Cells expressing the C230 allele showed a 27% cholesterol efflux reduction (P < 0.001), confirming this variant has a functional effect in vitro. Moreover, the C230 allele was associated with lower HDL-C levels (P 5 1.77 3 10211) and with higher body mass index (P 5 0.0001) in the combined analysis of Native American populations. This is the first report of a common functional variant exclusive to Native American and descent populations, which is a major determinant of HDL-C levels and may have contributed to the adaptive evolution of Native American populations.
Abstract in Spanish
Abstract in French
Description
Keywords in Portuguese
Doenças e Agravos Não Transmissíveis, Doenças Crônicas não Transmissíveis, Índios Latino-Americanos
Keywords
Noncommunicable diseases, South American Indigenous peoples
Keywords in Spanish
Keywords in French
DeCS
Saúde de Populações Indígenas, Epidemiologia, Estudos Epidemiológicos, Genética Humana, Doenças não Transmissíveis, Índios Sul-Americanos
Event Date
Previous version
Related Document
Means of dissemination
Duration
Duration
Original color system
Target audience context
Audience occupation
Educational Description
Evaluation
Peer Reviewed
Publication Status
Sponsorship
Grant 69856 from the Consejo Nacional de Ciencia y Tecnología (CONACYT) México, Grant 660 from the Fundación Mexicana para la Salud-Silanes, Intramural Research Program of the National Institute of Digestive and Kidney Diseases (NIDDK), NIH, Grant of the Canadian Institutes of Health Research (CIHR), CONACYT, Michael Smith Foundation for Health Research (MSFHR), Canada Research Chair in Human Genetics
Latest version
Version
Event Location
Event title
Event Type
Citation
ACUÑA-ALONZO, Víctor et al. A functional ABCA1 gene variant is associated with low HDL-cholesterol levels and shows evidence of positive selection in Native Americans. Human Molecular Genetics, v. 19, n. 14, p. 2877-2885, 23 Apr. 2010.
ISBN
ISSN
0964-6906
DOI
10.1093/hmg/ddq173